Uit archeologische vondsten blijkt dat Millingen aan de Rijn al in de Bronstijd en de Romeinse tijd werd bewoond. Het dorp heeft altijd een sterke binding met het water gehad. Tweeduizend jaar geleden vormde de Rijn de grens van het Romeinse Rijk (de 'Limes') en voeren er Romeinse patrouillevaartuigen overheen. Een replica van zo'n liburna wordt in 2012 voltooid en zal soms op de Rijn varen.
Tot halverwege vorige eeuw leeft een deel van de bevolking van de zalmvisserij. Een ander deel vindt werk bij de steenovens in de uiterwaarden. Al in de zeventiende eeuw bakt de familie Arntz stenen van de rivierklei, die hier ruim voorhanden is. Uit de bloeiperiode van de industrie (1850-1950) resteren de ovenruïne van fabriek Klaverland en enkele kleiputten, die zijn veranderd in idyllische natuur. Scheepswerf Bodewes, sinds 1896 aan de rivieroever gevestigd, is het levende bewijs van de onverwoestbare band tussen Millingen en de Rijn.